વડોદરામાં સોખડા સ્વામિનારાયણ મંદિરના વિવાદ બાદ હવે નવો વિવાદ પ્રમુખ સ્વામી જૂથનો છે. પ્રમુખ સ્વામી જૂથ પહેલી વખત વિવાદમાં સામે આવ્યું છે.

BAPSના પુસ્તકમાં ત્રિદેવને લઇ વિવાદાસ્પદ ટિપ્પણી જોવા મળી છે. પ્રમુખ સ્વામી મહારાજના મહિમાષ્ટકમ નામના પુસ્તકમાં વિવાદાસ્પદ ટિપ્પણી જોવા મળી છે. પુસ્તકમાં લખ્યું છે “ત્રિદેવ પણ પ્રમુખ સ્વામીની મહિમા મંડન કરવા માટે પૂરતા નથી’.